中国科学院昆明动物研究所（简称昆明动物所）直属于中国科学院，是我国生物多样性演化、保护与可持续利用领域的综合性研究机构。昆明动物所成立于1959年4月，其前身为昆虫研究所紫胶虫工作站，1962年改名为中国科学院西南动物研究所，1970年划归云南省后改名为云南省动物研究所，1978年重归中国科学院，恢复原所名。
研究所设置有生物多样性中心、进化发育中心、灵长类中心、遗传资源中心四个“分可单独作战，聚可团队攻关”的所级研究中心，共有41个科研团队。拥有模式动物表型与遗传研究国家重大科技基础设施（灵长类设施）、国家昆明高等级生物安全灵长类动物实验中心（p3实验室）、国家非人灵长类实验动物资源库、中国西南野生生物种质资源库（动物种质资源分库）、天然活性多肽国家地方联合工程研究中心、中国科学院天然活性多肽工程实验室、中国科学院昆明野生动物细胞库、中国科学院生物多样性大型仪器区域中心（西南）、昆明动物标本库等国家或院级科研与技术平台，与香港中文大学联合共建生物资源与疾病分子机理联合实验室，云南省西南及跨境生物多样性数据信息重点实验室和云南省高黎贡山生物多样性重点实验室。拥有云南无量山西黑冠长臂猿监测站。与云南省合作共建昆明动物博物馆，馆藏各类动物标本95余万号，是我国西南地区规模最大、收藏量最丰富的动物专题博物馆，先后被授予“全国科普教育基地”、“云南省生态文明教育基地”等荣誉称号。图书馆有中、外文科技藏书3.8万册，中外文科技期刊16万余册。
截至2023年底，昆明动物所共有在职职工442人。高级专业技术职称132人，其中正高级职称48人。有中国科学院院士2人，杰青11人，优青10人，国家级人才49人次，省部级以上人才129人次。
研究所是1980年国务院学位委员会批准的博士、硕士学位授予权单位之一，现设有基础医学专业一级学科博士研究生培养点，动物学、神经生物学、遗传学、细胞生物学4个二级学科博士研究生培养点，生物化学与分子生物学二级学科硕士研究生培养点，生物与医药专业型硕士学位培养点，并设有生物学专业一级学科博士后流动站和基础医学省级博士后流动站。截至2023年底，共有在学研究生429人（其中硕士生215人、博士生214人）。
建所以来，昆明动物所始终定位于生物多样性演化、保护和利用研究，并按照中科院的决策和部署，凝练聚焦国家重大和关键科技问题，整合组织科研力量，在老一辈科学家的带领下，取得了一批高水平研究成果，造就了一批优秀科学家，取得了良好的社会效益和经济效益，为国家和地方的发展作出了重要贡献。昆明动物所积极承担国家重大科技专项、973、863、中科院战略性先导专项和自然科学基金等多项重大科研任务，先后获得国家自然科学二等奖5项，技术发明二等奖1项，科学技术进步奖3项，并多次获得省部级及中国科学院重要奖项，截至2023年底授权专利389件。
目前，昆明动物所与美洲、欧洲等多个国家的著名科研机构开展合作，并积极参与中国科学院“中非联合研究中心”和“东南亚生物多样性研究中心”的建设，进一步拓展了与非洲和东南亚的合作。
昆明动物所是云南省动物学会、云南省细胞与生物学会、云南省免疫学会、云南省实验动物学会、云南省昆虫学会的挂靠单位，负责编辑出版动物学核心刊物zoological research（《动物学研究》），该刊物于2018年12月起正式被scie收录。在动物学领域177种sci期刊中排名第2位，入选“中国最具国际影响力学术期刊”。《动物学研究：多样性与保护（英文版）》（zoological research: diversity and conservation，简称zrdc）是zr姐妹刊，由中国科学院主管，中国科学院昆明动物研究所主办，由中国科技期刊卓越行动计划高起点新刊项目资助出版。
“十四五”期间，昆明动物所将立足我国西南与东南亚地区丰富的遗传多样性资源，有效支撑生态文明和生态安全屏障建设、种业创新、人民健康等国家战略需求，瞄准“遗传、发育和进化交叉统一”的科学前沿。依托模式动物（灵长类）表型与遗传研究国家重大科技基础设施等特色平台，解析生物多样性形成与维持的机制，突破生物多样性资源保护与创新利用关键技术，成为引领全球遗传多样性资源保护与可持续创新利用的中心、人才高地和原创成果策源地。
